因思念已故的母亲，触犯炼金术中被视为最大禁忌“人体炼成”，而失去一切的兄弟──装上机械铠、有“钢之炼金术师”之称号的哥哥爱德华·艾尔利克，以及失去肉体、灵魂被固定于铠甲的弟弟阿尔冯斯·艾尔利克──两人为取回失去的东西，踏上了寻找贤者之石的旅程。随着他们越来越接近贤者之石的真相、巨大的阴谋也逐渐露出水面。军事国家亚美斯多利斯背后的黑暗，暗地活跃的人造人，受虐民众的憎恨与复仇的怨念，炼金术带来的种种悲剧……散落于各点的故事终将连接成线，人民、甚至国家都被卷入其中。艾尔利克兄弟处于绝望和希望的狭缝之中，即使如此，他们仍选择继续前进。